當在觀察某個深孔內部細節時，孔內是黑的，而周邊襯度合適。起因是內孔產生的大量信號電子被孔壁吸收，只有小部分跑出達到探測器，這個弱信號按常規放大，人眼看不見。提高圖象襯度和亮度，孔內細節如果能看清，其周邊就過亮了、人眼對圖像襯度的察覺是有限的。圖象處理的目的就是在探測器的后續階段、通過各種圖象處理技術改善圖象襯度，使其更適合人眼觀察。圖像處理有模擬法和數字法，其中包括直方圖處理、襯度反轉、微分放大、非線性放大(Y control)、信號混合、Y調制、降噪(noise ·eduction)等。非線性放大和降噪比較常用。

仍然以觀察孔洞為例，通常由于二次電子邊緣效應，造成空洞邊緣很亮，而孔內又很黑，兩處的細節均看不清。當選用某個非線性放大值后，為看清孔洞內細節而提高亮度時，孔的邊緣亮度又被抑制，是放大器按了曲線處理信號的功能。

電鏡是掃描成像，自然會有隨機噪聲疊加在圖僚上，若幀掃時間短，噪聲更嚴重，圖上覆蓋著不規則閃動的白點，細節看不清，有如“霧里看花”。對圖像進行降噪處理可以濾除噪聲。其方法有多種，如幀平均、像素平均、線積分、卷積濾波、卡爾曼濾波等。因為是計算機控制的實時處理，過程很快，所以使用時可根據圖像細節任意選用，看哪種方法好。

圖像處理是對圖襯度、亮度或噪聲進行加工，最后獲得一幅人眼可以識別和接受的改善圖像。應注意，如果樣品本身的自然襯度不存在，或者細節清晰度不好，后期應用的各種處理技術均不會增加任何信息。

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